Jan A.P. Kaczmarek urodził się 29 kwietnia 1953 w Koninie. Dziadek artysty był skrzypkiem, a jego mama od wczesnych lat zabierała go do filharmonii w Poznaniu. Kompozytor uczęszczał na lekcje gry na fortepianie, a pierwszym jego sukcesem było skomponowanie muzyki do hymnu szkolnego, a potem podkładów muzycznych do szkolnych przedstawień w trakcie nauki w Liceum w Koninie. Jednak wybrał studia prawnicze na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, gdyż chciał zostać dyplomatą.
Jan A.P. Kaczmarek wrócił do kariery muzycznej, odbył staże w awangardowym Teatrze Laboratorium Jerzego Grotowskiego, rozpoczął współpracę z Teatrem Ósmego Dnia, a także współpracował z Teatrem Polskim w Poznaniu. W 1989 roku zamieszkał na stałe w Los Angeles w Stanach Zjednoczonych. Artysta był członkiem Amerykańskiej Akademii Filmowej i Europejskiej Akademii Filmowej, a w 2001 roku został nominowany do nagrody Orzeł w kategorii najlepsza muzyka za film Quo vadis. Z kolei w roku 2005 zdobył Oscara za muzykę do filmu Marzyciel.
Jan A.P. Kaczmarek stworzył muzykę do wielu filmów m.in: "Całkowite zaćmienie" i "Plac Waszyngtona" Agnieszki Holland, "Dzieci Ireny Sendlerowej" Johna Kenta Harrisona, "Doliny Bogów" Lecha Majewskiego, "Magnezji" Macieja Bochniaka, "Śmierci Zygielbojma" Ryszarda Brylskiego oraz "Van Gogha" Daniela Fridella. Tworzył ścieżki dźwiękowe także do polskich seriali, m.in. "Czas honoru".
Jan A.P. Kaczmarek zmarł po długiej i cieżkiej chorobie. Chorował na MSA (zanik wieloukładowy) i musiał mierzyć się ze sztywnością mięśni, spowolnieniem ruchowym i problemami z mówieniem.
